Z
ns多型サイト間でのアリルの独立性の二乗相関.集団内の連鎖の強さの指標一つ.
集団遺伝学で中立性検定なんかに用いられる.
変異が中立で,完全に連鎖していることを仮定して,中立から外れると大きくなる.
John K. Kelly 1997
A Test of Neutrality Based on Interlocus Associations
遺伝子座 i と j の変異アリルの頻度p
i,p
j ,両方とも変異アリルの頻度をpijとしたとき,iとjの連鎖不平衡( linkage disequilibrium ) Dijは
Dij=pij-pipj
(Dijは0から1)
標準化すると,
Dij2
δij=---------------------
pi(1-pi)pj(1-pj)
ちなみに,どのアリルを「変異アリル」として計算しても,δijは同じ値になります.
多型サイト数Sの全てに対して,
2 S-1 S
Zns = ---------- Σ Σ δij
S(S-1) i=1 j=i+1
数式がうまく打てなかった.
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