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Zns

Zns
多型サイト間でのアリルの独立性の二乗相関.集団内の連鎖の強さの指標一つ.
集団遺伝学で中立性検定なんかに用いられる.
変異が中立で,完全に連鎖していることを仮定して,中立から外れると大きくなる.
John K. Kelly 1997
A Test of Neutrality Based on Interlocus Associations


遺伝子座 i と j の変異アリルの頻度pi,pj ,両方とも変異アリルの頻度をpijとしたとき,iとjの連鎖不平衡( linkage disequilibrium ) Dijは

Dij=pij-pipj
(Dijは0から1)

標準化すると,
    Dij2
δij=---------------------
   pi(1-pi)pj(1-pj)


ちなみに,どのアリルを「変異アリル」として計算しても,δijは同じ値になります.

多型サイト数Sの全てに対して,
    2       S-1   S
Zns = ----------  Σ      Σ δij
   S(S-1)   i=1   j=i+1



数式がうまく打てなかった.

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