今日はFst, Gst, Rst, Φst, Nst, G'st, Dの紹介．
集団間の遺伝的分化を表す有名な指標としてFstがある．
Fst=1-Hs/Ht
で表され，1に近いほど集団間の分化が見られ，0に近いほど集団の構成が似ていることを表す．
また，小集団と外部集団間では，
Fst=1/(4Nem+1)
で表される．（Ne; 有効集団サイズ, m; 世代あたり移入率）
Gst(Nei 1973)
F統計量をより多くの対立遺伝子を含む遺伝子座のデータも扱えるように拡張した遺伝子分化係数．
現在ではFstとほぼ同義の値．
Rst
対立遺伝子同士が独立ではなく連続性があるような場合（ステップワイズ突然変異モデル）の指標．
対立遺伝子の連続性とは，マイクロサテライトマーカーのような，1回の突然変異で反復数3から4になるが，反復数3から5になるには2回の突然変異が必要なケースである．
Φst(Excoffier et al., 1992)
AMOVAで用いられる．遺伝的多様性の大きさを集団内と集団間に階層的に分割する．
Nst
対立遺伝子間の遺伝的・系統的差異を評価する．
集団内の殆どの個体がヘテロ接合している場合，GstFstは集団間の遺伝的分化にかかわらず大きくなり得ない．
それを考慮したのが
Hedrick (2005)の
G'st=Gst(1+Hs)/(1-Hs)
と
Jost (2008)の
D=[(Ht-Hs)/(1-Hs)][n/(n-1)]
である．
参考
シリーズ現代の生態学
エコゲノミクス-遺伝子からみた適応-
PR
