RAD-seqは，もはや説明もいらないでしょう．
制限酵素サイトで切断してその切断面から次世代シーケンサのショートリードで配列を読む．
複数個体に用いれば，非モデル生物でゲノムはわからなくても，制限酵素サイト周辺の配列からその中の多型サイトを得ることができる．
詳しくは，龍谷大の永野さんのグループの説明がわかりやすいでしょう．
https://sites.google.com/site/radseqincer/
このRAD-seqには派生的な手法が存在し，pyRADで解析可能な以下の手法がある．
RAD, ddRAD, PE-ddRAD, GBS, PE-GBS, EzRAD, PE-EzRAD, 2B-RAD, nextRAD
まだまだ増やすようだ．
pyRADの使い方はこの辺が参考になりそうです．
http://mitsuhiko.nobody.jp/bioinfo/pyrad.htm
RAD
通常のRAD-seq．制限酵素の断面にアダプタ等をつける．この時，アダプタは切断面の両側につく．
ddRAD: double digest RADseq (Brant K. Peterson
et. al. 2012 PLOS ONE)
2種類の制限酵素で切断する．両端を異なる制限酵素で切断された領域のみを用いて，片方の断面にアタプタをつける．
つまり，通常のRADseqに比べると座位数は減るがcoverageは増える．
PE-ddRAD: Paired-End ddRAD
ddRADをペアエンドで読む．
GBS: genotyping-by-sequencing (Robert J. Elshire
et. al. 2011 PLOS ONE)
制限酵素で切断後にショートリードをマッピングしてSNPを決める．
サイズセレクションのステップを含まないため実験が楽．とか．
PE-GBS: Paired-End GBS
GBSをペアエンドで読む．
PE-EzRAD (Robert J. Toonen
et. al. 2013 PeerJ)
Illumina TruSeq ライブラリ調整キッドを使って，どんな制限酵素でも可能．
実験が簡単．
2B-RAD
nextRAD
やる気がでたら追記します．
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