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cytogenetic map

Flybaseを見ていたところ,Cytogenetic mapという項目が気になった.
でも何なのか見当がつかなかった.

ここの後ろの方でようやく見つけた.
http://www.biol.se.tmu.ac.jp/fly/method-basic.html#genetic-map

Cytogenetic map

細胞遺伝学的地図とか細胞学的地図とか言うらしい.
唾液腺染色体のバンドに基づいてつけた通し番号.

染色体をほぼ等間隔に区切って左から1~102にナンバリング.
1-20 X染色体
21-40 2L染色体
41-60 2R染色体
61-80 3L染色体
81-100 3R染色体
101-102 4染色体
に対応する.

その中をわかりやすいバンドに従ってAからFの小区画に区切る.
小区画内のバンドに左から順に数字を降る.この数は区切り方でかなりばらつくらしい.
バンドをまたがる場合は-ハイフンでつなぐ.

たとえば,sxl(sex lethal)は
6F3-6F5
にマッピングされている.
これは,6なので,X染色体の左から6/20 = 3/10くらい,Fなので区画の右端,その中の3番目から始まる.
-6F5なので,3番目から5番目にわたって遺伝子が配置されている.
ということかな.

実際,sxlは X:6,968,583から始まる(FB2014_03の場合).
X染色体は22Mbpくらいだったはずなので,
7,000,000/22,000,000=0.318181...
大体31%くらいの位置なので,3/10くらいという目算と大体あう.
ちなみに,この遺伝子は23,000bpくらいある長い遺伝子なので,バンドをまたぐのも何となく有り得そう.

実は,別の染色体の遺伝子で試してみたらあんまりうまく一致しなかったので,必ずしもこの目算が合うわけではないのかもしれない.


そもそも,今の時代に唾液腺染色体のバンドを元にした地図が必要な機会もないだろうけど.
単なる歴史の勉強でした.
他の生物でも同じようなマッピングがあるのかな.
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