AnonymousBlog

国民健康保険が払えそうになかったため，区役所で減免の申請をしてきた．
誰が申請できるのか，ウェブサイトで詳しく調べようとしたら，窓口に来いとしか書いてなかったので，僕の経験だけを記載．


僕の場合，去年まではGCOEのRAで月14万ほどもらってて，
それが今年からなくなった．
細かいバイトをしているので，収入は月に2万程度．
この状況で，総額20万ほどの支払い命令．
さすがに無理なので，仙台市の区役所の健康保険の窓口へ．

ハローワークで求職中の場合は，失業扱いになるとのこと．
僕の場合は求職していないのでこれにはあたらず，給与の大幅な減少を理由に申請．
ただ，今年分の給与はまだ示せないため，6月段階では仮申請という扱い．
正式に申請するためには，また年度末に源泉徴収や給与明細を持って行く．
また，減額の可能性のあるのは一部だけで，絶対に減らない部分は払わなければならない．

なので，年度末までどうなるかわからない状態で宙に浮く．

払えるもんなら払いたい．
そもそも医療費総額減らす努力とかできないもんかね．

高速な相同性検索ソフト，blat．
ゲノムを扱うときには重宝します．

最近気になったこと．
blatで取得した情報を元に配列を取ってくるとき．
僕はblatの出力形式pslのT startからT endまでを取得する自作ソースを使っている．
実際には貰い物を元に少しアレンジしたもの．
取得した配列をアライメントすると，必ず先頭に1塩基余っている．

なんで？完全に無駄じゃん？
自作ソースが悪いのかと思って穴が空くほど見たし，試したが，間違ってない．
モニターに穴が空くわけないんだけど．

で，今度はblatに問題があるんじゃないかと調べた結果，
なんと，T startが開始位置-1を表示しているようだ．まだ始まってないじゃん．
T startの次からが相同な配列ということか．
それを踏まえて自作ソースを改変し，解決した．

startの概念が覆った日でした．

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以下，試してみたことの詳細．
・仮想ゲノムファイルとして，以下のfastaファイルを作る．
>test1
TAAAAAAAAACAAAAAAAAAGAAAAAAAAATTAAAAAAAACCAAAAAAAAGGAAAAAAAATTTAAAAAAACCCAAAAAAAGGGAAAAAAATTTTAAAAAACCCCAAAAAAGGGGAAAAAATTTTTAAAAACCCCCAAAAAGGGGGAAAAATTTTTTAAAACCCCCCAAAAGGGGGGAAAA

少なくとも10塩基あればどの位置かわかるような仮想ゲノム．

・仮想クエリファイルとして，以下のfastaファイルを作る．
>hoge
TAAAAAAAAACAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT

これらを用いて，
blat genom.fasta query.fasta test.blat
で単純にpslファイル取得．
もちろん，1番目から31番目の計31塩基を取得したはず．
0番目を考えれば，0番目から30番目かもしれない．

pslファイルを見てみると
なんと，T startは0，T endは31に！！

ちなみに，本体の中身を確認するほどの気力はない．
お試しあれ．

python関係続けて．

PyTablesをインストールしようとして引っかかったので，大体書いとく．

% easy_install numpy
% easy_install numexpr
% easy_install h5py
% easy_install cython

http://www.oberhumer.com/opensource/lzo/download/
でLZOの最新版をダウンロード
ダウンロード先のディレクトリで
% ./configure
% make
% make install

の後に
%easy_install tables

それでもPyTablesが星状に動かない場合，ヴァージョンが古いかもしれないので
間に -U を入れてみる．

依存関係を一括でインストールできるからeasyなんでないの？
なんで一番最後の一文で完了しないのかはよくわからん．

必要に迫られて，最近はpythonをいじっている．

だがしかし，easy_installすら上手くいかない．
ものすごく変な場所にインストールされてしまう．
指定した覚えもない．

~/.pydistutils.cfg
の中身がおかしかったようだ．
install や easy_installの際のprefixやinstall-dirやscript-dirなんかを設定できるっぽい．

ここを弄ることで解決した．
変更先が適切である自信はないが，気持ち悪さは完全に解消された．

Mac用高性能テキストエディタ，mi
各言語の構文に合わせて色分けができたりする．
基本的に標準装備のCやPerlを使っていたが，最近Ruby用を導入した．
今回，それに加えてPython用を導入した．
しかし，フォントや色使いの勝手が違いすぎては手間なので，Perlに近い設定に変えた．

主にここを参考にした．
http://www.geocities.jp/sakanou1/mi_python_mode_for_macosx.html

まず，ここからPython用のmiのmodeファイルをDL．
http://homepage2.nifty.com/~yoshimura/editor.html

ダブルクリックでimgファイルをマウントしようとしたが
"legacy image should be coverd"とエラーが出てしまった．
ここの通りに操作してimgからdmgを作ることで解決．
https://discussions.apple.com/thread/3158789?start=0&tstart=0
1　ディスクユーティリティを開く．
2　imgファイルを左側のドライブ名の並んでいる欄にドラッグ&ドロップ．
3　それを右クリックしてconvert ~~~をクリック．
4　保存場所を選ぶ．

これでdmgができるので，それをダブルクリック．
Pythonというディレクトリの中のPythonを実行．
これでmiにmodeが追加されたはず．

これもまたRubyと同様色合い等が好みじゃないので，以下の部分を変更．
上のバーのmi > Mode Preference でModeをPythonを選ぶ．

フォントをデフォルトへ．背景色を白へ．Line Brake CodeをLF(Linux)へ．

・フォント
　　　Default > Font　を(Default Font)へ変更．
　　　Default > Print Option Default の4つも同じく変更．
・背景色
　　　Display > Background のBackgroundをクリック．白に変える．
・改行コード
　　　Default > Line Break Code　をLF(Linux)へ変更．


他にもあれば随時考えていこう．