AnonymousBlog

今日はFst, Gst, Rst, Φst, Nst, G'st, Dの紹介．

集団間の遺伝的分化を表す有名な指標としてFstがある．
Fst=1-Hs/Ht
で表され，1に近いほど集団間の分化が見られ，0に近いほど集団の構成が似ていることを表す．
また，小集団と外部集団間では，
Fst=1/(4Nem+1)
で表される．（Ne; 有効集団サイズ, m; 世代あたり移入率）

Gst(Nei 1973)
F統計量をより多くの対立遺伝子を含む遺伝子座のデータも扱えるように拡張した遺伝子分化係数．
現在ではFstとほぼ同義の値．

Rst
対立遺伝子同士が独立ではなく連続性があるような場合（ステップワイズ突然変異モデル）の指標．
対立遺伝子の連続性とは，マイクロサテライトマーカーのような，1回の突然変異で反復数3から4になるが，反復数3から5になるには2回の突然変異が必要なケースである．

Φst(Excoffier et al., 1992)
AMOVAで用いられる．遺伝的多様性の大きさを集団内と集団間に階層的に分割する．

Nst
対立遺伝子間の遺伝的・系統的差異を評価する．

集団内の殆どの個体がヘテロ接合している場合，GstFstは集団間の遺伝的分化にかかわらず大きくなり得ない．
それを考慮したのが
Hedrick (2005)の
G'st=Gst(1+Hs)/(1-Hs)
と
Jost (2008)の
D=[(Ht-Hs)/(1-Hs)][n/(n-1)]
である．

参考
シリーズ現代の生態学
エコゲノミクス-遺伝子からみた適応-

Nature geneticsの2007年の論文
Promoter regions of many neural- and nutrition-related genes have experienced positive selection during
human evolution
Ralph Haygood, Olivier Fedrigo, Brian Hanson, Ken-Daigoro Yokoyama & Gregory A Wray

をざっと読んだ．
ヒトが進化する過程で神経や栄養吸収に関連する遺伝子のプロモーター領域から正の選択を検出したという内容．

標的遺伝子のプロモーター領域とイントロンとで進化速度を比較．
イントロンは中立なので，プロモーター領域も中立なら進化速度は同じ，プロモーター領域で進化速度が速ければ，正の選択がかかっていると判断する．
そのためにはコード領域の自然選択でも使われる最尤率テスト？likelihood rate testで差があるか検定している．

プロモーター領域で正の選択が検出された遺伝子の機能をまとめた結果，神経や栄養吸収に関連するものが多く含まれていた．


テクニカルには特にすごいことはない．すごい閃きかというと，別にそんなに．
転写調節に関連しそうな領域への選択をはじめて検出したのは間違いなく重要．
でも正直，それだけでNature geneticsか〜という印象．
2007年に見たら違ったのかな．

タンパク質は体をつくる分子であり，酵素など重要なはたらきを担う三大栄養素の一つである．
タンパク質はアミノ酸が並んだものが複雑な立体構造をもっており，アミノ酸や構造によって様々な種類がある．

アミノ酸の並びを決定しているのがDNAであるが，これに関してはまた別に書くとする．
実際にDNAの情報を元に必要なアミノ酸の並びをつくる，つまり翻訳している細胞内の構造がリボソーム(Ribosome)である．
リボソームは非常に重要な役割を担っているため，現在確認されるすべての生物が持っている．
そのため，生物種間でDNAを比較する際にしばしば用いられる．

その詳細について調べたので，メモ程度に書き記す．
間違いや最新情報があったら教えてください．


リボソームは大小2つのサブユニットからなり，それぞれのサブユニットはさらにRNAとタンパク質でできている．
このときのRNAをrRNA(ribosomal RNA)とリボソームタンパク質と呼ぶ．

実はリボソームは真正細菌・古細菌と真核生物とで構造が異なっている．
真正細菌・古細菌は70Sリボソームを持ち，30Sと50Sのサブユニットをもっている．
大腸菌のリボソームの場合，
30Sサブユニットは16SrRNAと21種類のリボソームタンパク質（S1~S21）を持ち，
50Sサブユニットは23SrRNAと34種類のリボソームタンパク質（L1~L33）を持つ．

ここで３０S+50Sが70Sとなっているのは，このSがスベドべリ(Svedberg)と呼ばれる遠心力をかけた時の沈降速度の単位であるためである．
沈降速度はその分子の重さや形によって変化するので，2つの分子が足し合わさっても単純な足し算にはならないようである．

真核生物では80Sリボソームを持ち，40Sと60Sのサブユニットからなる．
40Sは18SrRNAと32種のリボソームタンパク質を持ち，
60Sは28S,5.8S,5SのｒRNAと46種のリボソームタンパク質を持つ．

rRNAをコードするDNA領域をrDNA(ribosomal DNA)と呼ぶ．
このｒDNAはどの生物でも似た順番で持っている．
真核生物の場合は
NTS | ETS |18S | ITS1 | 5.8S | ITS2 | 28S | NTS | ETS |18S | ITS1 | 5.8S | ITS2 | 28S |
の順で並んでいる.
NTSは nontranscribed spacer， ETSは external transcribed spacer， ITSは internal transcribed spacersである．
5Sは別の場所にあるらしい．
ウィキペディアにわかりやすい図が載っている．

ざっと調べたことは以上．

...
では，最初のリボソームを持たない状態ではどうやってリボソームタンパク質を翻訳するのだろう．
それとも，母親由来か何かで元々持っているのだろうか．

有名なブロガー、ちきりんの「自分のアタマで考えよう」という本を読んだ。

内容は、知識の分類法と活用法について
「プロ野球の将来性は？」
「自殺の最大の原因は？」
「NHKとBBCはどう違う？」
など卑近な例やデータを用いて紹介している。

感想としては、
一つ一つの思考のテクニック自体は特別目新しいものはなく、
知っているもの、やったことあるものばかりであった。
それらを思考法としてまとめることで、
僕にとっては思考のために積極的に利用しやすくなったと思う。

印象的だったのは、
・最初に考えるべき決めるプロセス
・情報ではなくフィルターが大事

膨大な情報の中から自分にとっての価値で重み付けが必要で、それによって結論や行動が選択されていくべきである。
この「自分にとっての価値」というのが非常に重要。
ケチな性分の自分は必要な物だけを選ぶというのが非常に苦手である。
でもそろそろ、あれもこれも拾うのが不可能であることも気づいている。


自分の価値観。
これを明確にしていきたい。

冷やし中華始めました。

ブログ始めました。

僕の僕による僕のためのアウトプットのトレーニング用ブログです。
雑多なことをまとめます。
反論・批判等歓迎します。
仮に筆者が特定できたとしても気づかないフリしてください。

私は、基本的にアウトプット＝思考を表現するのが苦手です。
表現の形を問わず苦手です。文章でも言葉でも絵でも。
表現できないのは思考ができていないからなのかもしれません。
しかし、たとえ思考していなくても、できる範囲でやらねばならない時があります。
というか、できるようになりたいです。

アウトプットが上手になるには、練習するしかない。
そういう場がこれまであまりなかった。積極的に参加してこなかった。
避けてきたのは、下手なアウトプットで相手を傷つけたり、自分が嫌われたりするのが嫌だったから。
批判されるのが怖いから。
最近ようやく、そもそもみんな「他人に興味ない」ということを理解してきた。
別に僕の言葉を重く受け止める人も（ほとんど）いない。
別に僕のことを思った言葉でもない。言いたいから言うだけ。

たぶん、それでいいんだと思う。そうやって世の中回ってるんだ。
ようやく気づいたよ。

だから、僕も周囲を気にせずアウトプットしていきたい。

でもやっぱり怖いから。人間関係は重要で大切であることを完全には否定できないから。
匿名でやっていきたい。

上手なアウトプットを身に着けたい。

そんな動機でブログを書いていきたい。