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毎度おなじみ、僕です。

毎度おなじみ僕による、毎度おなじみPLOS computational biologyのエッセイっぽいもののまとめ。

Ten quick tips for teaching programming
Neil C. C. Brown , Greg Wilson (2018) PLOS computational biology

1. 相手は"ギーク遺伝子"を持ってないことを覚えておけ。
2. 1 vs 1が理想だが、1 vs 大人数なら全員に同様に教えよ。
3. 生でコードを書け。欠点もあるが、よい訓練になる。
4. 生徒に予想させろ。
5. ペアプログラミングをせよ。
6. 小さいステップごとに動く例を用いよ。
7. 1つの言語を貫け。
8. 本物の課題を使え。
9. 初心者はプロじゃないことを思い出せ。
10. コードを書くだけになるな。

今回は中にさらに箇条書きで実際のノウハウが書いてあったりする。
そして、別にプログラミングに限らないなこれ。

超メジャーソフトウェアたるsamtools。
バージョンが新しくなって、というか完成する前に公開しやがってる。
全然インストールできない。

そういうやつは淘汰されてしまえ。


別の方法ならできた。

高速な相同性検索ソフト，blat．
ゲノムを扱うときには重宝します．

最近気になったこと．
blatで取得した情報を元に配列を取ってくるとき．
僕はblatの出力形式pslのT startからT endまでを取得する自作ソースを使っている．
実際には貰い物を元に少しアレンジしたもの．
取得した配列をアライメントすると，必ず先頭に1塩基余っている．

なんで？完全に無駄じゃん？
自作ソースが悪いのかと思って穴が空くほど見たし，試したが，間違ってない．
モニターに穴が空くわけないんだけど．

で，今度はblatに問題があるんじゃないかと調べた結果，
なんと，T startが開始位置-1を表示しているようだ．まだ始まってないじゃん．
T startの次からが相同な配列ということか．
それを踏まえて自作ソースを改変し，解決した．

startの概念が覆った日でした．

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以下，試してみたことの詳細．
・仮想ゲノムファイルとして，以下のfastaファイルを作る．
>test1
TAAAAAAAAACAAAAAAAAAGAAAAAAAAATTAAAAAAAACCAAAAAAAAGGAAAAAAAATTTAAAAAAACCCAAAAAAAGGGAAAAAAATTTTAAAAAACCCCAAAAAAGGGGAAAAAATTTTTAAAAACCCCCAAAAAGGGGGAAAAATTTTTTAAAACCCCCCAAAAGGGGGGAAAA

少なくとも10塩基あればどの位置かわかるような仮想ゲノム．

・仮想クエリファイルとして，以下のfastaファイルを作る．
>hoge
TAAAAAAAAACAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT

これらを用いて，
blat genom.fasta query.fasta test.blat
で単純にpslファイル取得．
もちろん，1番目から31番目の計31塩基を取得したはず．
0番目を考えれば，0番目から30番目かもしれない．

pslファイルを見てみると
なんと，T startは0，T endは31に！！

ちなみに，本体の中身を確認するほどの気力はない．
お試しあれ．

python関係続けて．

PyTablesをインストールしようとして引っかかったので，大体書いとく．

% easy_install numpy
% easy_install numexpr
% easy_install h5py
% easy_install cython

http://www.oberhumer.com/opensource/lzo/download/
でLZOの最新版をダウンロード
ダウンロード先のディレクトリで
% ./configure
% make
% make install

の後に
%easy_install tables

それでもPyTablesが星状に動かない場合，ヴァージョンが古いかもしれないので
間に -U を入れてみる．

依存関係を一括でインストールできるからeasyなんでないの？
なんで一番最後の一文で完了しないのかはよくわからん．

必要に迫られて，最近はpythonをいじっている．

だがしかし，easy_installすら上手くいかない．
ものすごく変な場所にインストールされてしまう．
指定した覚えもない．

~/.pydistutils.cfg
の中身がおかしかったようだ．
install や easy_installの際のprefixやinstall-dirやscript-dirなんかを設定できるっぽい．

ここを弄ることで解決した．
変更先が適切である自信はないが，気持ち悪さは完全に解消された．