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書けん日

科研費が書けん日

という、しょうもないけど消耗しすぎて必ず頭をよぎるギャグがあるのですが。

もちろん今日も科研費が書けん日なんですが。
科研費が書ける立場であることが実はとても恵まれているというのも事実なので、もうひと踏ん張りしたいと思います。

PSMCの前処理

毎度おなじみ、僕です。
このブログが生きていることに驚いています。

1個体のゲノムから個体群動態を推定するPSMCという方法。
https://github.com/lh3/psmc

今ではいろんな発展系もありますが、やっぱり理論的にも使い方的にもシンプルでわかりやすい（相対的に）原作を使いたくなるときもあります。

日本語解説はこちらが詳しいです。
https://sites.google.com/site/hiromimatsumae/過去の情報/集団遺伝学

が、新しいsamtools系だとこの通りにはいかず、古いバージョンを併用する必要が出てきて面倒です。

特に公式のこの部分。
"""

samtools mpileup -C50 -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -c - | vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100 | gzip > diploid.fq.gz

"""

これの新しいバージョンに対応したコマンドは以下です。
"""

bcftools mpileup -C50 -Ou -f ref.fa aln.bam | bcftools call -c - | vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100 | gzip > diploid.fq.gz

"""
bcftoolsで代用できました。

お試しあれ。

フローサイトメトリー用語解説

フローサイトメトリーによるゲノムサイズや倍数性の推定に関する専門用語
Estimation of nuclear DNA content in plants using flow cytometry
Jaroslav Dolezel, Johann Greilhuber & Jan Suda
Nature protocol (2007)

haplophase 単相世代（染色体数 n）蘚苔類によくある。
diplophase 複相世代（染色体数 2n）維管束植物によくある。

haplophaseの個体の複製してない核のDNA含有量は"1C"。染色体数nのハプロイドゲノムのDNA量にあたる。
DNA複製後haplophaseの核のDNA含有量は"2C"。diplophase個体の複製していない核と同じ。
endopolyploidy核内倍数性は普通Cのレベルで表す。

基本染色体数がxのmonoploidのゲノムサイズはCx-valueで表す。
6倍体植物パンコムギの体細胞は2n=6x=42で、2C-valueは6Cx-valueと等しい。

haploid, diploidなど染色体数についてのワードは、DNA含有量を示すのに使うべきではない。
また、フローサイトメトリーで得られる倍数性データは染色体カウントで得られるものとは区別すべきだ。
核DNA含有量から倍数性/異数性に言及するなら、"DNA 倍数性"、"DNA 異数性"とすべきだ。

菌類の分類

今日は菌の分類について、以下の論文のアブストだけ読んだのでメモ。

Fungal evolution: diversity, taxonomy and phylogeny of the Fungi
Biol. Rev. (2019)

菌類のゲノムを使った系統解析から、以下の9つの門に再定義しました。日本語はwikipediaを参照しています。

Opisthosporidia
Chytridiomycota　ツボカビ門
Neocallimastigomycota　ネオカリマスティクス門
Blastocladiomycota　コウマクノウキン門
Zoopagomycota
Mucoromycota　ケカビ亜門
Glomeromycota　グロムス門
Ascomycota　子嚢菌門
Basidiomycota　担子菌門

日本語のないものが新しく分けられた分類群でしょうか。
論文には各門の特徴や代表的な種について書いてあるので気が向いたら追記します。

転職します

転職？異動？します。

クソ環境からは抜け出さなければならない。
続けてあげる義理もない。

奴隷にしたいんだったら給料の桁がたりんのよ。

一桁多かったら奴隷になるか？それもどうだろう。ならないかもな。

プログラミングを教えるための10のコツ

毎度おなじみ、僕です。

毎度おなじみ僕による、毎度おなじみPLOS computational biologyのエッセイっぽいもののまとめ。

Ten quick tips for teaching programming
Neil C. C. Brown , Greg Wilson (2018) PLOS computational biology

1. 相手は"ギーク遺伝子"を持ってないことを覚えておけ。
2. 1 vs 1が理想だが、1 vs 大人数なら全員に同様に教えよ。
3. 生でコードを書け。欠点もあるが、よい訓練になる。
4. 生徒に予想させろ。
5. ペアプログラミングをせよ。
6. 小さいステップごとに動く例を用いよ。
7. 1つの言語を貫け。
8. 本物の課題を使え。
9. 初心者はプロじゃないことを思い出せ。
10. コードを書くだけになるな。

今回は中にさらに箇条書きで実際のノウハウが書いてあったりする。
そして、別にプログラミングに限らないなこれ。

Holoploidについて

Holoploidってなんじゃらほい．ってことで，古いけど以下の論文からHoloploidについて紹介します．

The Origin, Evolution and Proposed Stabilization of the Terms ‘Genome Size’ and ‘C-Value’ to Describe Nuclear DNA Contents
Johann Greilhuber et. al. 2005

"ゲノムサイズ"というときに，全染色体のDNAの塩基数を指すことと，1倍体（monoploid）でのDNAの塩基数を指す事があって定まっていない．
前者はC-valueと呼ばれることもあります．

・"ゲノムサイズ"は1倍体に対して使いましょう．
・1個体のもつ全染色体のDNAの塩基数を指す場合は，holoploidという新語を作って"Holoploid genome size"としましょう．
・monoploidに対してはCx-value，Holoploidに対してはC-valueとして，ゲノムサイズの定量データにはC-levelをつけて，1C,1Cx,2Cなどとしましょう．

以上．

倍数性の変わりやすい植物では一層混乱しやすそう．
2018年現在，ゲノムサイズの定義はこの通りです．HoloploidやC-valueは初めて聞きました．
ましてや，Holoploid genome sizeの概念を必要と感じたことがなかった．
他の分野だと使ってるのかな．

飛び降りるときは背中から。

「倒れるときは前のめり」とか「背中の傷は」いう言葉がある。

この反対語として
「飛び降りるときは背中から」というのを提案したい。

もう続けられなくて生涯を終えるときくらい、背中から飛び降りることで何も考えず、しがらみから開放されたい、空だけ見て終わりたい、という意味。

これは流行るで。

引用

全然知らない人が論文を引用してくれていて、嬉しい。
これどうやったの？って連絡きて、これもまた嬉しい。

コミュニティの一員として認められてる感は嬉しいね。
しっかり答えれば引用してくれるかも。
そうすれば良い論文感が増す。
雑誌のIFは越えてあげたいな。

もっともっと、活躍したい。
楽しみたい。
おっきいことしたい。

その結果として注目を浴びたい。
最近有名になってる友人のように、注目を浴びたい。
自信はないけど。
せめて自信がある部分で。

vcfの詳細

samtoolsでSNPコールしてbcftoolsでハプロイドをフィルタリングしたときのINFOとFORMATの詳細

INDEL indel多型
IDV indelを支持する最大リード数
IMF indelを支持する最大割合
DP 生リードdepth
VDB RNA-seqでのフィルターしたスプライシングサイトのアーティファクトの変数距離バイアス（大きいほど良い）
RPB リード部位バイアスのマン/ホイットニーのU検定（大きいほど良い）
MQB マッピングクオリティバイアスのマン/ホイットニーのU検定（大きいほど良い）
BQB ベースクオリティバイアスのマン/ホイットニーのU検定（大きいほど良い）
MQSB マッピングクオリティvsストランドバイアスのマン/ホイットニーのU検定（大きいほど良い）
SGB segregationベースの測定
MQ0F MQ0リードの割合（小さいほどよい）

ICB 近交係数二項検定（大きいほどよい）
HOB HOMs数の数のバイアス（小さいほどよい）
AC 各ALTアリルの遺伝子型のアリルカウント
AN コールされた遺伝子型のアリルの総数
DP4 ref-forward, ref-reverse, alt-forward, alt-reverse 塩基の高クオリティの数
MQ 平均マッピングクオリティ

FORMAT
PL Phredスケールの遺伝子型尤度のリスト
GT 遺伝子型